Se entiende por tal el sistema que determina los criterios para seleccionar el material que ha de salir del almacén para atender una petición concreta del mercado. La importancia de este sistema radica en que incide directamente sobre el período de permanencia de los productos en el almacén. El sistema más extendido es el FIFO, no obstante el SGA ha de ofrecer la versatilidad de trabajar con diferentes criterios o métodos según convenga por artículos siendo posibles también métodos LIFO, minimizar picos, minimizar recorridos o por accesibilidades.
Para asegurar una correcta trazabilidad el SGA ha de permitir la configuración y uso de códigos de identificación estandarizados según UNE/ISO que permitan lecturas a todos los niveles siendo requeridos hoy en día: a nivel de producto, de lote y/o número de serie.